本片講述在1868年航運(yùn)界傳言南海中有海怪破壞船只，各國政府被迫派遣軍艦維護(hù)航道安全，及調(diào)查海怪真?zhèn)?。不料調(diào)查艦被不明怪物撞沉，只有阿洛亞斯教授、助手康索及魚叉手尼德藍(lán)被鸚鵡螺核子潛艇救起。該船由尼莫艦長指揮，對(duì)運(yùn)載軍火船艦均予擊沉。尼莫敬重阿洛亞斯之成就，將其視為上賓。潛艇要返回瓦康尼亞基地，中途到深海探索海底世界，此處是該船糧食之主要來源。教授為其科技動(dòng)力來自海底貂殖的技術(shù)驚嘆不已，但尼德藍(lán)一心想逃跑，卻在荒島中被食人族逐出。他又查出基地位置，用瓶子裝信向外通知。到達(dá)瓦康尼島時(shí)，軍艦已圍住該基地。尼莫破壞基地，引起核子爆炸，尼莫亦中彈命危，臨死前將鸚鵡螺號(hào)駛?cè)牒５讐瀳?chǎng)加以破壞。