エンジェリオンブルー?輝咲冬香とエンジェリオンレッド?光宗夏希は、この世から光をなくし、闇の世界にしようとする魔女?闇姫と戦い続けていた。だが戦士として冬香よりも後に覚醒した夏希は、戦闘能力で二人より劣り、それをコンプレックスに感じていた。ある日、一人で闇姫に戦いを挑んだ夏希は、闇姫に完全に敗北して囚われの身となり壯絶な拷問を受ける。冬香に助けられた夏希は、冬香が闇姫を倒しても素直に喜べず、闇姫が死んだときに殘したプロテクターを、その強さに憧れて身に著けてしまう。それが闇姫の罠ともしらずに。プロテクターの闇の力で、ダークエンジェリオンとなった夏希は、闇姫の言葉にそそのかされ、自分の強さを証明するために冬香を倒そうと襲い掛かるのだった。