侵略者イルミダス占領(lǐng)下の地球からアルカディア號で脫出したハーロック（S-00999）?大山トチロー（S-00998）とエメラルダス（X-00001）は、コードナンバーSSXとして全宇宙に指名手配され、イルミダス軍の攻撃を受けながらも、異星人のラ?ミーメなどの仲間とともに大宇宙のどこかにあると信じる理想郷「アルカディア」を探して旅を続けていく。その戦いの中で、地球人の少年物野正と少女レビ、有紀(jì)螢、そして船醫(yī)としてドクター蠻が仲間に加わる。 　　一方、イルミダス地球占領(lǐng)軍はアルカディア號を超える艦を建造するため、若き天才科學(xué)者M(jìn)r.ゾーンにアルカディア號を分析調(diào)査するよう命じた。そしてMr.ゾーンもまた大宇宙へと旅立ち、アルカディアを目指す。