2001年、國際社會に巧妙に根を下ろし、全世界を掌握せんとする悪の秘密結(jié)社ドクーガに、謎の男サバラスに率いられたグッドサンダー部隊が挑む。その面々が乗り込む移動要塞「グッドサンダー」は謎のエネルギー「ビムラー」が動力源であり、最大1萬kmの距離を瞬間移動できる。だがドクーガも「ビムラー」を狙っていた。