第一季結尾中，侯燁、塔塔、裘莎莎和朱志摩四人，意外收到了組織的錄取通知書，各自都成為了新人特工訓練局的一員。這一季的故事會為孩子們營造一個既神秘又神奇的“外星事務管理局”（簡稱BEA），這樣一個歷史悠久的，為了保護地球而設立的龐大機構。而侯燁等孩子們就是被這個神秘機構所選中，成為了實習小特工，見識到了各種令人尖叫的存在。孩子們隨著主角侯燁的經(jīng)歷，體會成長的煩惱與歡樂，明白要有怎樣的擔當才能稱為真正的成長，以及這份接踵而至的責任感。