ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝國が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。 　　地球は復(fù)興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進(jìn)も護(hù)衛(wèi)艦艦長として輸送補(bǔ)給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の聲であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機(jī)の正體を突き止めるためにヤマトを発進(jìn)させる。 　　テレザート星に到著した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝國が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。 　　白色彗星帝國は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝國が... (展開全部)