ダークを壊滅した後、光明寺一家と別れて彷徨うジローは謎の組織に追われるリエ子とアキラと出會う。二人を狙う奇妙なロボット軍団との戦いの中、ジローにプログラムされた不思議な“記憶”が目を覚ます。それは兄であるキカイダー01との出合いへ導(dǎo)く光明寺博士の意志…！