ついに、寶太郎や九堂りんねたちが、富良洲高校を卒業(yè)する日がやってきた。 　　學(xué)園生活や、錬金アカデミーでのかけがえのない思い出を胸に、 　　彼らは卒業(yè)式を終え、新たなる道へと向かっていく……はずだった。 　　突然、同じ時間が繰り返し流れ、寶太郎たちは、そのループから抜け出せなくなってしまう。 　　この狀況を認(rèn)識しているのは、なぜか黒鋼スパナただひとり。 　　異常な現(xiàn)象が発生した理由は、いったい何か。 　　時間の流れを操っているのは未知のケミーなのか、それとも？ 　　やがてスパナが、そして寶太郎たちが辿り著いた、驚愕の真相とは!?