西暦2203年、銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生じた。異次元斷層から別の銀河が現(xiàn)れ、核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり、多くの星々が消滅した。古代進(jìn)は宇宙戦艦ヤマトの艦長(zhǎng)として地球防衛(wèi)軍の命を受け調(diào)査に向かった。かつての盟友デスラー率いるガルマン?ガミラス帝國(guó)は壊滅的な被害を受けていた。 　　そんな中、その異次元斷層から恒星間空間を回遊する水惑星「アクエリアス」が現(xiàn)れ、ディンギル星を水沒(méi)させる。ヤマトはディンギル星から一人の少年を救った後地球に向かうが、ディンギル帝國(guó)の艦隊(duì)の攻撃にあい、航行不能となる。しかし、落下中の衝撃で自動(dòng)操縦システムが働き、ヤマトは負(fù)傷した乗組員を乗せたまま地球へ向かう。 　　地球は帰還したヤマトの情報(bào)から水惑星の存在を確認(rèn)。接近してくる水惑星を避けるために各惑星やスペースコロニーへの避難を開(kāi)始したが、ディンギル艦隊(duì)の巧みな戦術(shù)... (展開(kāi)全部)