江戸時(shí)代。貧しい者たちのために作られた小石川養(yǎng)生所。所長(zhǎng)の新出去定（にいで?きょじょう　船越英一郎）は、恐れや親しみを込めて「赤ひげ」と呼ばれていた。若き醫(yī)師、保本登（中村蒼）や津川玄三（前田公輝）、田山真一郎(鈴木康介)、新たに加わった女醫(yī)のつぐみ（優(yōu)希美青）も、今日も貧しい者の治療に奮闘中だ。そんな折、赤ひげは養(yǎng)生所の生みの親でもある大岡越前守に呼び出されることに。大岡の言葉は赤ひげに衝撃を與えるものだった。何と大岡は赤ひげに新たに設(shè)立する醫(yī)學(xué)校の校長(zhǎng)になれと言う。赤ひげは養(yǎng)生所を去るのだろうか??？　一體、養(yǎng)生所はどうなってしまうのか……。一方、毎回、養(yǎng)生所には、つらい事情や秘密を抱えた貧しい訳ありの患者たちがやってくる。そんな患者の一人おたね（戸田菜穂）。どうやらこのことが養(yǎng)生所に新たな火種を生むことに……。