1992年，日政府在關(guān)西的筑波建立國(guó)際哥斯拉對(duì)策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—機(jī)械哥斯拉。以大前博士為首的考察團(tuán)到達(dá)亞度諾亞島時(shí)，發(fā)現(xiàn)了一只完整無(wú)缺的蛋。當(dāng)團(tuán)員把蛋帶回京都時(shí)飛翼龍拿頓出現(xiàn)并攻擊考察團(tuán)一行人。這時(shí)哥斯拉亦在亞度諾亞島出現(xiàn)，兩只怪獸由海上戰(zhàn)斗到陸上……