クメンを脫出したキリコとフィアナのシャトルは、何者かによって無(wú)人の戦艦へと収容されていた。戦艦Ｘの內(nèi)部で安息の一時(shí)を過(guò)ごす二人の前にレッドショルダーマーチが鳴り響く。己の過(guò)去に直面させられ、精神を病んでいくキリコ。 　　やがて、惑星サンサに不時(shí)著した戦艦Ｘの前に、イプシロン率いるAT部隊(duì)が迫る。戦艦Ｘを爆発させることによって逃れたキリコとフィアナはゴウトたちと再會(huì)、彼らとともに再生武器商人のアジトに身を寄せる。だが、イプシロン隊(duì)とバララント軍の攻撃が開(kāi)始され、キリコはゴウトたちと別れてしまう。ヂヂリウムを確保するため、バララント軍の殘した補(bǔ)給基地を目指し、フィアナを背負(fù)って荒野を行くキリコ。その後を、キリコに恩讐の念を抱くゾフィーが追う。 　　谷口守泰の作畫による新オープニング、塩山紀(jì)生の作畫による新エンディングに注目。