未來世界，富有的人們把靈魂注入機械身體，成為機械化的人類，從而獲得永恒的生命。另一方面，窮人們因無法得到機械身體而面臨死亡的恐怖，更被機械化人類所迫害。在這樣的等級分明的社會中，貧家少年鐵郎的母親被機械伯爵所殺，他得知有一個星球可以免費得到機械身體，于是，便和神秘美女梅蒂爾一起乘坐銀河鐵道999號列車開始了追尋之旅