「ガンマンワールド」でガイアークの害統(tǒng)領(lǐng)?バッチードと激戦を繰り広げていたゴーオンジャーは、バッチードの罠により、それぞれ異次元ワールドへと飛ばされてしまう。「ヒューマンワールド」へ戻ってきたゴーオンレッドとボンパーは、そこで侍戦隊シンケンジャーに出會う。初めは対立しながらも、すべてのワールドの征服をもくろむバッチードの野望を阻止するため、シンケンジャーとゴーオンジャーは最強タッグを組む。