哥斯拉突然從海底出現(xiàn)，于東海村登陸將市內(nèi)的建筑物及發(fā)電廠完全破壞，雖然自隊(duì)向哥斯拉展開猛烈攻擊，但卻完全阻止不了它前進(jìn)。另一方面，危機(jī)管理情報(bào)局的官博士于茨城縣的海溝發(fā)現(xiàn)直徑200米的古代隕石，後來隕石內(nèi)的有機(jī)物質(zhì)與哥斯拉相遇并自我進(jìn)化成巨大怪獸奧加，而哥斯拉就與奧加在西新宿展開一場(chǎng)生死戰(zhàn)。